Le pôle scientifique et universitaire contribue activement à la coopération franco-tchèque dans les domaines de la formation supérieure, de la recherche et de l’innovation.
En particulier, son action s'articule autour de trois axes principaux :

• Encourager la coopération franco-tchèque dans le domaine de la recherche, par le biais de programmes de soutien (workshops, PHC, bourses de mobilité…) et d’événements d’information et de mise en réseau ;
• Promouvoir l’excellence scientifique française en proposant des événements grand public ou à destination de chercheurs en partenariat avec des acteurs locaux et en organisant la remise des Prix scientifiques de l’Ambassade de France avec le soutien de sponsors privés ;  
• Coopérer avec le CEFRES, centre de recherche pluridisciplinaire commun entre le CNRS, l’Académie des sciences et l’Université Charles.