A l’origine de la création des sections tchèques en France se trouvent des personnalités marquantes. Edvard Beneš, futur président de la République tchécoslovaque, Ferdinand Spíšek, fonctionnaire au ministère de l’éducation nationale tchécoslovaque, Ernest Denis, historien nîmois spécialiste de l’histoire tchèque, ainsi que Louis Eisenmann, professeur d’histoire, sont autant de personnalités qui ont œuvré en France et en Tchécoslovaquie en faveur du développement des échanges entre les deux pays, notamment par la création des sections tchèques.
C’est en 1920 que la première section tchèque est ouverte au lycée Carnot de Dijon qui accueille les premiers élèves tchécoslovaques. Son existence est rappelée par les Déclarations relatives aux relations scientifiques, littéraires et scolaires entre la République tchécoslovaque et la France, des 25 juin 1923 et 30 avril 1924. L’exemple dijonnais fait des émules : en 1923, une section de filles est fondée à Saint-Germain-en-Laye, pas loin de Paris, et en 1924, une autre section de garçons est créée à Nîmes.
Ces sections accueillent avec succès plusieurs centaines d’élèves jusqu’à la Seconde Guerre mondiale. Fermées pendant toute la durée du conflit, elles sont réouvertes pour une courte durée entre 1946 et 1948 avec la réaffirmation de l’application de l’accord culturel de 1945. A nouveau fermées après les événements de 1948, elles réouvrent dans les années 60 par le biais de l’Accord de coopération scientifique et technique entre la Tchécoslovaquie et la France. Cependant, au moment de la "normalisation", leur fonctionnement est à nouveau interrompu dans les années 70.
Au lendemain de la Révolution de velours, les sections tchèques de Nîmes et de Dijon ouvrent à nouveau leurs portes pour accueillir les élèves tchèques grâce à un accord signé à Prague le 13 septembre 1990 entre le Gouvernement de la République française et le Gouvernement de la République fédérative tchèque et slovaque en matière de coopération dans le domaine de l’éducation.