À Halloween, les habitants de la ferme de Mossy Bottom se réjouissent des festivités, jusqu’à ce que le Fermier maladroit saccage le précieux champ de citrouilles du troupeau. Pour réparer les dégâts, Shaun se transforme en savant fou, mais son expérience tourne rapidement au chaos. Le Fermier disparaît et une étrange bête rôde dans les bois de Mossingham. Shaun et tout le troupeau doivent alors se lancer à sa recherche et sauver Halloween dans une aventure pleine d’humour, de rebondissements et de situations complètement loufoques.
